Tidak diketahui secara pastinya sudah berapa tahun Desa Pulau Limbung dibuka/dirintis. Bahkan sebelum zaman penjajahan Belanda, wilayah desa ini sudah ditempati.

Berdasarkan cerita orang-orang tua, yang pertama kali menempati wilayah Desa Pulau Limbung adalah Panglima Udin yang berasal dari Desa Limbung (saat ini berada di
dekat Bandara Supadio Pontianak) dan juga Dato Kubu. Dato Kubu adalah sebuah gelar dan tidak diketahui secara pasti nama asli beliau.

Beliau sendiri berasal dari Kesultanan Kubu, yaitu kerajaan muslim yang pusat pemerintahannya berada di Kecamatan Kubu. Keberadaan Dato Kubu di Desa Pulau Limbung dapat dipastikan dari peninggalannya. Ada sebuah makam tua yang terdapat di Tempat Pemakaman Umum (TPU) di Dusun Karya Bersama dan diyakini
merupakan makam dari Dato Kubu.

Dalam perkembangannya, Desa Pulau Limbung kemudian dimekarkan menjadi beberapa desa antara lain: Desa Muara Baru, Desa Pulau Jambu, Desa Gunung Tamang. Desa Pulau Limbung baru disahkan sebagai salah satu desa definitif pada tahun 1994.

Secara definitif keberadaan Pulau Limbung sebagai desa administrasi baru diakui pada tahun 1994. Sebelumnya, wilayah Pulau Limbung terbagi dari kampung-kampung dan dipimpin oleh kepala kampung (Penggawe).

Setelah penetapan desa definitif pada tahun 1994, Pemerintahan Desa Pulau Limbung terbentuk dan dipimpin oleh Pak Slamet (Tahun 1994 – 1999), Pak Askah (Tahun 1999 – 2007), Pak Usmandi (Tahun 2007 – 2013), Pak Agus PJ. (Tahun 2013 – 2015), dan Pak Isyanto (Tahun 2016 – 2021) Saat ini Desa Pulau Limbung dipimpin oleh Pak Mujirin (2021-   )